Entró a la carrera militar, pero en 1521, a la edad de 30 años, siendo ya capitán, fue gravemente herido mientras defendía el Castillo de Pamplona. Al ser herido su jefe, la guarnición del castillo capituló ante el ejército francés.
Los vencedores lo enviaron a su Castillo de Loyola a que fuera tratado de su herida. Le hicieron tres operaciones en la rodilla, dolorosísimas, y sin anestesia; pero no permitió que lo atasen ni que nadie lo sostuviera. Durante las operaciones no prorrumpió ni una queja. Los médicos se admiraban. Para que la pierna operada no le quedara más corta le amarraron unas pesas al pie y así estuvo por semanas con el pie en alto, soportando semejante peso. Sin embargo quedó cojo para toda la vida.
Mientras estaba en convalecencia pidió que le llevaran novelas de caballería, llenas de narraciones inventadas e imaginarias. Pero su hermana le dijo que no tenía más libros que "La vida de Cristo" y el "Año Cristiano", o sea la historia del santo de cada día.
Y le sucedió un caso muy especial. Antes, mientras leía novelas y narraciones inventadas, en el momento sentía satisfacción pero después quedaba con un sentimiento horrible de tristeza y frustración . En cambio ahora al leer la vida de Cristo y las Vidas de los santos sentía una alegría inmensa que le duraba por días y días. Esto lo fue impresionando profundamente.
Y mientras leía las historias de los grandes santos pensaba: "¿Y por qué no tratar de imitarlos? Si ellos pudieron llegar a ese grado de espiritualidad, ¿por qué no lo voy a lograr yo? ¿Por qué no tratar de ser como San Francisco, Santo Domingo, etc.? Estos hombres estaban hechos del mismo barro que yo. ¿Por qué no esforzarme por llegar al grado que ellos alcanzaron?". Y después se iba a cumplir en él aquello que decía Jesús: "Dichosos los que tienen un gran deseo de ser santos, porque su deseo se cumplirá" (Mt. 5,6), y aquella sentencia de los psicólogos: "Cuidado con lo que deseas, porque lo conseguirás".
Mientras se proponía seriamente convertirse, una noche se le apareció Nuestra Señora con su Hijo Santísimo. La visión lo consoló inmensamente. Desde entonces se propuso no dedicarse a servir a gobernantes de la tierra sino al Rey del cielo.
Apenas terminó su convalecencia se fue en peregrinación al famoso Santuario de la Virgen de Monserrat. Allí tomó el serio propósito de dedicarse a hacer penitencia por sus pecados. Cambió sus lujosos vestidos por los de un pordiosero, se consagró a la Virgen Santísima e hizo confesión general de toda su vida.
Y se fue a un pueblecito llamado Manresa, a 15 kilómetros de Monserrat a orar y hacer penitencia, allí estuvo un año. Cerca de Manresa había una cueva y en ella se encerraba a dedicarse a la oración y a la meditación. Allá se le ocurrió la idea de los Ejercicios Espirituales, que tanto bien iban a hacer a la humanidad.
En 1523 se fue en peregrinación a Jerusalén, pidiendo limosna por el camino. Todavía era muy impulsivo y un día casi ataca a espada a uno que hablaba mal de la religión. Por eso le aconsejaron que no se quedara en Tierra Santa donde había muchos enemigos del catolicismo. Después fue adquiriendo gran bondad y paciencia.
A los 33 años empezó como estudiante de colegio en Barcelona, España. Sus compañeros de estudio eran mucho más jóvenes que él y se burlaban mucho. El toleraba todo con admirable paciencia. De todo lo que estudiaba tomaba pretexto para elevar su alma a Dios y adorarlo.
Después pasó a la Universidad de Alcalá. Vestía muy pobremente y vivía de limosna. Reunía niños para enseñarles religión; hacía reuniones de gente sencilla para tratar temas de espiritualidad, y convertía pecadores hablándoles amablemente de lo importante que es salvar el alma.
Se fue a Paris a estudiar en su famosa Universidad de La Sorbona. Allá formó un grupo con seis compañeros que se han hecho famosos porque con ellos fundó la Compañía de Jesús. Ellos son: Pedro Fabro, Francisco Javier, Laínez, Salnerón, Simón Rodríguez y Nicolás Bobadilla. Recibieron doctorado en aquella universidad y daban muy buen ejemplo a todos.
Los siete hicieron votos o juramentos de ser puros, obedientes y pobres, el día 15 de Agosto de 1534, fiesta de la Asunción de María. Se comprometieron a estar siempre a las órdenes del Sumo Pontífice para que él los emplease en lo que mejor le pareciera para la gloria de Dios.
Se fueron a Roma y el Papa Pablo III les recibió muy bien y les dio permiso de ser ordenados sacerdotes. Ignacio, que se había cambiado por ese nombre su nombre antiguo de Íñigo, esperó un año desde el día de su ordenación hasta el día de la celebración de su primera misa, para prepararse lo mejor posible a celebrarla con todo fervor.
En 1540 el Papa Pablo III aprobó su comunidad llamada "Compañía de Jesús" o "Jesuitas". El Superior General de la nueva comunidad fue San Ignacio hasta su muerte.
En Roma pasó todo el resto de su vida.
El libro más famoso de San Ignacio se titula: "Ejercicios Espirituales" y es lo mejor que se ha escrito acerca de como hacer bien los santos ejercicios. En todo el mundo es leído y practicado este maravilloso libro. Duró 15 años escribiéndolo.
Su lema era: "Todo para mayor gloria de Dios". Y a ello dirigía todas sus acciones, palabras y pensamientos: A que Dios fuera más conocido, más amado y mejor obedecido.
Como casi cada año se enfermaba y después volvía a obtener la curación, cuando le vino la última enfermedad nadie se imaginó que se iba a morir, y murió súbitamente el 31 de julio de 1556 a la edad de 65 años.
En 1622 el Papa lo declaró Santo y después Pío XI lo declaró Patrono de los Ejercicios Espirituales en todo el mundo. Su comunidad de Jesuitas es la más numerosa en la Iglesia Católica.
