Felipe fue hijo de Francesco y Lucrecia Neri, quien falleció cuando Felipe aún era un niño. Felipe tuvo dos hermanas menores, Caterina y Elisabetta Neri y un hermano que murió siendo aún muy niño.
Su padre, quien alternaba su profesión liberal con la de notario, mantenía gran amistad con los dominicos. Felipe Neri recibió muchas de sus primeras enseñanzas religiosas de los frailes dominicos del Monasterio de San Marcos de Florencia.
Felipe se encontró en Roma con una Iglesia en donde el colegio cardenalicio era gobernado por los Médici, de suerte que muchos cardenales se comportaban más bien como príncipes seculares que como eclesiásticos. Parte del clero había caído en la indiferencia, cuando no en la corrupción y muchos sacerdotes no celebraban la Misa sino rara vez, dejaban arruinarse las iglesias y se desentendían del cuidado espiritual de los fieles. Al mismo tiempo, el pueblo romano parecía haberse alejado de la fe cristiana. La tarea de Felipe habría de consistir en reevangelizar la ciudad de Roma, por lo que un día se le llamaría el Apóstol de Roma. Felipe, aún laico, comenzó dirigiéndose a las gentes en mercados y plazas, e inició visitas a hospitales, induciendo a otros a acompañarlo.
Hacia 1544 estableció amistad con San Ignacio de Loyola, a quien quiso seguir como misionero en Asia, aunque finalmente desistió porque deseaba continuar con la labor iniciada en Roma, constituyendo el núcleo de lo que después se convirtió en la Hermandad del Pequeño Oratorio.
Durante sus últimos años de laico Felipe extendió su apostolado. En 1548, junto con su confesor, Persiano Rosa, fundó la Confraternidad de la Santísima Trinidad, conocida como la cofradía de los pobres, para ocuparse de los peregrinos y convalecientes. Sus miembros se reunían para la comunión, la oración y otros ejercicios espirituales en la iglesia de San Salvatore in Campo, y el propio Felipe introdujo la exposición del Santísimo Sacramento una vez al mes y difundir así la devoción de las cuarenta horas (adoración Eucarística).
Los últimos años de su vida fueron marcados por periodos de enfermedad y recuperación. El 12 de mayo de 1595 el cardenal Baronio, que le había sucedido como superior, le dio la extremaunción. El 26 de mayo, a la edad de 79 años, expiró.
San Felipe Neri fue beatificado por Paulo V en 1615, y canonizado por Gregorio XVen 1622. En el Santoral Católico su onomástica se celebra el 26 de mayo.
El cuerpo de san Felipe Neri se conserva en la Chiesa Nuova (antes, iglesia de Santa María de Vallicella), bajo una copia en mosaico de la pintura de Guido Renique representa la «aparición de María» a Felipe Neri en 1594.
